石英自動雙重純水蒸餾器清洗工作時間長，會產生水垢（被蒸餾的水是去離子水這樣可以減少清洗次數），結水垢后可用20%硝酸灌進臥式燒瓶內結垢處，浸泡四小時由排水口排處，用自來水沖洗三次再用去離子水沖三次，即可重新使用。

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